Rayquaza dispose d'un très long corps vert en forme de serpent. Il possède de petites ailes le long de son corps et à l'extrémité de la queue. Il a trois griffes à chaque main. Sur le dessus de sa tête se trouvent deux grandes cornes et deux plus petites en dessous. Rayquaza a une gueule avec deux crocs visibles et quelques dents pointues à l'intérieur.